• Les fichiers .PDB

  • Logiciel Rasmol
    		• Mots-Clés: Fichier .PDB, rasmol, méthane

    Objectif:Construire un modèle moléculaire à partir d'un fichier .PDB

    Le logiciel rasmol permet de visualiser en trois dimensions ( sous différentes formes ) des modèles moléculaires. Il permet à l'aide de la souris de faire tourner ces modèles pour en découvrir les aspects cachés.
      Construire ses propres modèles:
    Les fichiers informatiques utilisés par rasmol ont l'extension .pdb (p rotein data bank ).
    Ce sont des fichiers texte facilement éditables ( le bloc-notes suffit ).
    Leur structure est la suivante:
    fichier .PDB

    On voit que le fichier contient les coordonnées cartésiennes des atomes ( le plus difficile est de les calculer! )
    Les axes du repère cartésien de rasmol sont initialement disposés comme ceci: Axes

    L'ouverture du fichier ci-dessus avec rasmol donne ( après rotation et affichage adéquat ):

    methane

    Remarque: Les distances interatomiques ne sont pas rigoureusement exactes dans l'exemple ci-dessus.
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